Fu fatta allestire nel 1733 dall’Abate D. Giacinto Boni di Forlì, grande amante delle scienze e delle lettere.
I suoi scaffali di noce nel corso del sec. XIX rimasero vuoti per ben due volte: nel 1811, infatti, con la Soppressione napoleonica i libri più importanti furono trasferiti alla biblioteca di Brera a Milano e gli altri a quella di Urbino. Questi ultimi furono recuperati nel 1816 ma con la nuova soppressione del 1866, la biblioteca fu nuovamente spogliata e i libri trasferiti alla Biblioteca Marini di Pergola. Fortunatamente il monastero riuscì di nuovo a rientrarne in possesso nel 1933.
Oggi contiene quasi tutto il patrimonio librario antico di Fonte Avellana che è costituito da circa 25.000 volumi tutti stampati a partire dalla scoperta della stampa (il libro più antico è un incunabolo del 1470) fino alla fine del sec. XIX.